¿El gobierno suizo multa a sus ciudadanos por votar en contra de aceptar inmigrantes?

No, no lo hace!
Pero hay una multa para las comunas (ciudades, pueblos) si no aceptan su parte justa de inmigrantes.
En muchos otros países, NUNCA existe esta posibilidad, donde algunas aldeas pequeñas son atropelladas por refugiados porque el gobierno central está demasiado lejos para preocuparse. Como dicen en Alemania: fuera de los ojos, fuera de la memoria.

Las multas en el caso de Oberwil-Lieli, que eligió no recibir a 10 refugiados, son 250000 CHF (casi lo mismo que $$$).
25000 por refugiado.
Este dinero no pretende ser una palanca para obligarlos.
Honestamente, esto no les duele demasiado.
Es dinero para pagar a otras ciudades que se llevarán a los refugiados, como compensación.

Entonces no multan a los ciudadanos que votan en contra, solo esperan que la ciudad compense. Ni una sola persona (real) perdió dinero en este asunto.