Como ateo, no creo en la mayoría de las cosas en las que creen las personas en las iglesias, aunque sí me inscribo para “tratar de la forma en que quieres que te traten”. Y me opongo a toda religión, no solo a la de “la Iglesia”, con lo cual asumo que te refieres a la Iglesia Católica o la Iglesia Cristiana o ambas.
Casi no paso el tiempo catalogando los errores de ninguna religión específica. Ese no es mi propósito en la vida.
La Iglesia Católica tiene una larga historia de corrupción y abuso. Pero eso es de esperarse. Siempre que combine un poder tremendo con riqueza y secreto, habrá abuso. Martin Luther no solo estaba adivinando cuando hizo una lista de 99 cosas que le molestaban. Para más información sobre ese tipo de cosas, eche un vistazo a la excelente historia de William Manchester, A World Lit Only by Fire. 
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El mayor secreto, por supuesto, es que los religiosos realmente no saben si existen dioses. Son como un niño con un amigo imaginario. Se acostumbran tanto a pensar que el amigo imaginario es real, que creen que el amigo está allí, aunque nadie más pueda verlo.
La mayor corrupción es que roban el tiempo, el tesoro y la atención de las personas para apoyar su creencia en su amigo imaginario.
Todas las religiones son culpables de esto, no solo “la Iglesia”.