¿Por qué Bern odia a Vaud?

Tl, dr: no lo hace.

1) El Cantón es un estado y, como tal, no odia nada.
2) El pueblo bernés no tiene rencor hacia nadie (más allá de las pequeñas rivalidades, generalmente vinculadas a los deportes), y nunca he oído que haya un odio especial reservado para Vaud o sus ciudadanos.

Posible explicación del origen de la pregunta en sí:

El cantón de Berna (o más bien, en el momento en que la ciudad y la República) conquistaron Vaud y lo gobernaron durante unos 200 años. Finalmente, Vaud se cansó del dominio bernés. Aprovecharon la oportunidad presentada por la revolución francesa y Napoleón para obtener ayuda para cambiar las cosas. Esto llevó a que toda Suiza cayera bajo el dominio napoleónico, lo que podría haber fomentado cierto resentimiento.
Sin embargo, eso puede haber sido una feliz coincidencia para Napoleón. Es muy probable que hubiera invadido de todos modos, considerando que saqueó el tesoro de Berna para ayudar a financiar sus campañas.
Aún así, a los suizos les molestaba la conquista y la ocupación francesas en sí mismas, aunque no necesariamente culpaban al cantón de Vaud por causarla.
Han pasado más de 200 años desde entonces. Y como sucede, todo el mundo está muy contento de cómo terminaron las cosas al final. El estado nación moderno de Suiza no habría sucedido como sucedió sin la intervención francesa que al menos temporalmente derribó las viejas estructuras de poder y le dio a la gente un sabor de “igualdad, fraternidad y libertad” que finalmente exigieron y establecieron en 1848 en sus propios términos.