¿Podría alguien haber sobrevivido al 11 de septiembre si estuviera dentro de una caja acolchada, dentro del avión?

Ese simple no.

Si la persona estaba en una caja extremadamente fuerte, piense mucho más fuerte que una caja fuerte típica, atornillada, y la caja fuerte se inundó con agua, para amortiguar la aceleración de los objetos dentro de la caja, y la persona respiraba líquido con perflorocarbono oxigenado, o algo así respirando líquido, con una gravedad específica cercana a 1.0, entonces quizás.

Respiración de líquidos – Wikipedia

Probablemente sea una buena idea estar desnudo también, y sin objetos metálicos o densos sueltos dentro de la caja, y sin burbujas de aire.

El efecto es que un cuerpo humano está cerca de la densidad del agua. Un objeto sólido totalmente sumergido en un líquido en un recipiente tendrá las aceleraciones de impacto reducidas por la diferencia de la densidad l.

Entonces, si este cuerpo humano tiene una densidad de 1.05 y el líquido tiene una densidad de 1.00, el cuerpo sentirá el 5% de la aceleración que siente la caja, siempre que la caja no se rompa y derrame el líquido.

Del mismo modo, la respiración líquida es necesaria para evitar que sus costillas se rompan debido a la presión diferencial, ya que está tomando gees muy altos.

Una vez más, si la caja no se rompe y derrama el líquido, y su aparato de respiración líquida no falla, podría sobrevivir al impacto. También ayudaría si la caja tuviera una protección contra arrugas para reducir la aceleración del impacto.

Salir de la caja después del impacto, ese es otro problema.

En pocas palabras: No. Incluso suponiendo que el bof estuviera hecho de un material que podría haber sobrevivido intacto a los choques, las fuerzas ejercidas sobre el cuerpo humano habrían sido demasiado grandes ya que cada uno de los aviones viajaba a más de 450 mph y se estrelló relativamente objetos sólidos La desaceleración por sí sola podría causar lesiones que terminan la vida.

No. La parada repentina de la masa de la persona de más de 500 mph a cero los mataría dentro de la caja.