El ISI pakistaní no es un acusado, sino un cómplice directo que respalda a muchos de los grupos terroristas anti-India y anti-estadounidenses. Algunos de esos grupos estaban respaldados por el ISI desde la década de 1980 cuando lucharon contra la antigua Unión Soviética y cuando la Unión Soviética abandonó Afganistán, simplemente cambiaron su nombre y comenzaron a centrarse en India.
- Lashkat-E-Taiba – Ha llevado a cabo muchos ataques espantosos en Cachemira, Kabul, Mumbai y Nueva Delhi.
- Jaish-E-Mohammed – Ha llevado a cabo el ataque del Parlamento indio en 2001, el reciente ataque a la base aérea de Pathankot, explosiones de bombas en Cachemira y otras partes de la India.
- Hizbul Mujahideen – Llevó a cabo el secuestro de Kandahar en 1999, múltiples explosiones de bombas en Cachemira, Nueva Delhi
- Al-Faran: extremadamente activo a principios y mediados de la década de 1990. Llevaron a cabo un osado secuestro de turistas extranjeros que visitaban Cachemira. Uno fue confirmado muerto y el resto nunca fue encontrado
- JKLF – Eran el único grupo terrorista indígena de Cachemira que ahora deja de existir. Ahora son parte de la corriente política y han rechazado la violencia desde hace muchos años.
- Lashkar-E-Jahnvi – Cuando el dictador pakistaní, general Parvez Musharraf, prohibió Lashkar-E-Taiba después del ataque al parlamento indio en 2001, cambiaron su nombre a Lashkar-E-Janhvi. Modus operandi era igual
- Harkat-Ul-Mujahideen: sus operaciones terroristas se restringieron en gran medida al valle de Cachemira
- Babbar Khalsa – El ISI pakistaní no solo apoyó a grupos terroristas islámicos sino que también patrocinó grupos sijs radicales desde mediados de los años 80 hasta que la insurgencia sij fue erradicada de Punjab
- Fuerza de comando de Khalistan: involucrado en emboscadas, secuestros de policías y explosiones de bombas en Punjab y Nueva Delhi en el apogeo de los días de militancia de Punjab
- Al-Qaida / Talibán: cierta sección de oficiales antiestadounidenses dentro del ISI dirigía un departamento sucio que ayudaba a los talibanes y a Al-Qaida cuando los estadounidenses estaban invadiendo Afganistán después de los desafortunados ataques del 11 de septiembre. Su mentira fue expuesta después de 10 años cuando el Navy SEAL de los Estados Unidos mató a Osama Bin Laden en Abottabad