El nacionalismo no fue alentado por el panafricanismo, los dos son un anatema.
Pan African apoya el culturalismo africano y ve un África culturalmente plural y religiosamente tolerante bajo un único liderazgo político y económico mutuamente aceptable.
El nacionalismo busca: hacer cumplir y asegurar a las fronteras deplorables impuestas por la era colonial o dividir los estados nacionales actuales para permitir que grupos étnicos individuales o grupos étnicos alineados de manera similar tengan sus propias naciones excluyendo a otros.
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Esto ha provocado muchas muertes, por ejemplo, las 3 guerras de Ogaden, Biafra, Katanga, los levantamientos de los tuareg, la guerra de independencia de Eritrea, las guerras civiles en el Sudán y la República Centroafricana, y actualmente las tensiones regionales están aumentando en Zambia a medida que Barotse considera los llamados para independencia.
La mitad del camino está emergiendo sensiblemente con el comercio y los bloques de divisas que surgen en África occidental, África oriental y alrededor de las fronteras de Sudáfrica. El más avanzado de estos es EAC.
El problema con el panafricanismo es que África es un súper continente y la gente solo tiene en común la geografía y la geología, lo cual no es una elección y no es suficiente para unir a las personas. La costa mediterránea del norte de África y sus pueblos no se identifican con Ruanda, Zanzíbar o Benin, la mirada hacia Oriente Medio y Europa en busca de historia, religión, idioma, etc., sigue siendo una buena aspiración.